Qual a forma correta para contabilizar empréstimos a funcionários, sendo que o objetivo da empresa é transporte, não financiadora? Qual a base legal?

Sugerimos:

D- Empréstimos a Funcionários a Receber

C- Caixa/Banco.

Não há base legal para contabilização de empréstimo a funcionários.
Há base legal em adiantamento a funcionários conforme artigo 18 da Instrução Normativa SRF nº 15/2001, abaixo:

“Adiantamentos

Art. 18. O adiantamento de rendimentos correspondentes a determinado mês não está sujeito à retenção, desde que os rendimentos sejam integralmente pagos no próprio mês a que se referirem, momento em que são efetuados o cálculo e a retenção do imposto sobre o total dos rendimentos pagos no mês.

§ 1º Se o adiantamento se referir a rendimentos que não sejam integralmente pagos no próprio mês, o imposto será calculado de imediato sobre esse adiantamento, observado o disposto no art. 16.

§ 2º Para efeito de incidência do imposto, são considerados adiantamentos quaisquer valores fornecidos ao beneficiário, mesmo a título de empréstimo, quando não haja, cumulativamente, previsão de cobrança de encargos financeiros, forma e prazo de pagamento.”

FONTE: Consultoria CENOFISCO