Empresa deverá a partir de janeiro de 2012 de enviar a conectividade social com certificado digital, o proprietário da empresa já possui o E-CPF e com ele podemos enviar qualquer tipo de declaração perante a receita federal ou estadual. O E-CPF já é necessário para enviar a conectividade social para a caixa ou teremos que tirar o E-CNPJ?
 
O E-CNPJ é o documento de identificação da sua empresa. Com ele, você pode assinar documentos eletrônicos com validade jurídica, autenticar-se em sites, realizar serviços da Receita Federal, como entrega de declarações e acessar o e-CAC.
Desta forma, se a empresa possui um CNPJ o E-CPF não é válido para a transmissão de dados da empresa, devendo esta ter o seu E-CNPJ.

FONTE: Consultoria CENOFISCO