A declaração da RAIS para empresas/entidades que possuam filiais, agências ou sucursais deverá ser feita separadamente?

Sim. A empresa/entidade que possui filiais, agências ou sucursais deve declarar a RAIS separadamente, por estabelecimento (local de trabalho), entendido como tal todos aqueles sujeitos à inscrição no CNPJ, na categoria de órgão-estabelecimento.

No caso dos órgãos da administração pública direta ou indireta, a RAIS de cada órgão-estabelecimento deve ser fornecida separadamente, por local de trabalho dos empregados/servidores.

FONTE: Consultoria CENOFISCO