A indenização e o aviso prévio pagos a representante comercial autônomo são tributáveis?

Sim. As importâncias recebidas em obediência ao disposto no art. 27, “j”, e parágrafo único, e no art. 34 da Lei nº 4.886, de 9 de dezembro de 1965, estão sujeitas à tributação na fonte e na declaração de ajuste.
Somente as indenizações previstas no Decreto-Lei nº 5.452, de 1º de maio de 1943 - Consolidação das Leis do Trabalho - CLT (arts. 477 a 499) e na legislação do Fundo de Garantia do Tempo de Serviço - FGTS estão isentas do imposto sobre a renda.

FONTE: Consultoria CENOFISCO