Quando a empresa faz pagamento de salário em conta dos funcionários, a empresa é obrigada a ter os holerites assinados pelos funcionários, caso haja fiscalização trabalhista a empresa pode ser autuada?

De acordo com o artigo 464 da CLT, o pagamento de salário deverá ser efetuado contra recibo, assinado pelo empregado; em se tratando de analfabeto, mediante sua impressão digital, ou, não sendo esta possível, a seu rogo. (assinado por testemunhas).
 
Contudo, terá força de recibo o comprovante de depósito em conta bancária, aberta para esse fim em nome de cada empregado, com o consentimento deste, em estabelecimento de crédito próximo ao local de trabalho, nos termos do parágrafo único do artigo em referência, caso a empresa deposite mensalmente.

FONTE: Consultoria CENOFISCO