Funcionário que substitui provisoriamente outro funcionário de função mais elevada, e durante a substituição continua a exercer também sua função, a empresa deve pagar os dois salários (por exercer duas funções)? Ou apenas o salário daquele de função mais elevada ao qual ele está substituindo?

Esclarecemos que o enunciado do TST nº 159 que disciplina a questão, assim Enquanto perdurar a substituição que não tenha caráter meramente eventual, inclusive nas férias, o empregado substituto fará jus ao salário contratual do substituído.
Segue a transcrição abaixo:
TST Enunciado nº 159 - RA 102/1982, DJ 11.10.1982 e DJ 15.10.1982 - Ex-Prejulgado nº 36 - Nova redação - Res. 121/2003, DJ 21.11.2003 - Incorporada a Orientação Jurisprudencial nº 112 da SBDI-1 - Res. 129/2005, DJ 20, 22 e 25.04.2005 Empregado Substituto - Caráter Não Eventual - Vacância do Cargo

I - Enquanto perdurar a substituição que não tenha caráter meramente eventual, inclusive nas férias, o empregado substituto fará jus ao salário contratual do substituído. (ex-Súmula nº 159 - alterada pela Res. 121/2003, DJ 21.11.2003)

II - Vago o cargo em definitivo, o empregado que passa a ocupá-lo não tem direito a salário igual ao do antecessor. (ex-OJ nº 112 da SBDI-1 - inserida em 01.10.1997) Ressalta-se que, integram a remuneração a gratificações ajustadas, conforme art. 457 da CLT.

A gratificação concedida expontâneamente inexiste uma regra que determine a sua integração definitiva a remuneração do empregado, portanto, se paga habitualmente por um período de 1 ano, ou seja, longo como exemplo, a doutrina entende que poderá integrar ao salário por ter a habitualidade.

Portanto, caso conceda deverá ser acordada para que posteriormente o empregado não solicite sua integração ao salário.

FONTE: Consultoria CENOFISCO