Quanto a transferência de funcionários entre filiais, os dados das remunerações para a RAIS deverão aparecer em uma única empresa, ou parte em uma filial e parte em outra filial, por exemplo?

Não há previsão legal expressa, porém, entendemos que na RAIS deverá cada empresa declarar a remuneração do empregado no período que nela trabalhou.
Outrossim, deverá o empregador observar a existência de código próprio que indica a transferência de empregados.

CÓDIGO E TIPO DE ADMISSÃO:

3 - Transferência/movimentação do empregado/servidor oriundo de estabelecimentos da mesma empresa/entidade, ou oriundo de outras empresas/entidades, com ônus para a cedente.

4 - Transferência/movimentação do empregado/servidor ou dirigente sindical oriundo de estabelecimentos da mesma empresa/entidade ou oriundo de outras empresas/entidades, sem ônus para a cedente.

FONTE: Consultoria CENOFISCO