As regras referentes ao controle de jornada se aplicam aos empregados da empresa, o estagiário não é empregado, assim caso a empresa queira poderá controlar as horas de estágio com controle manual, neste caso demonstrando para ele as horas de estágio realizadas desde que não faça horas extraordinárias para não ser descaracterizado o estágio, contudo a Lei 11.788/2008 que trata do estagiário é omissa neste sentido (controle de horário).

FONTE: Consultoria CENOFISCO