Empresa pretende trocar o vale transporte por vale combustível para alguns funcionários, existe base legal?

Por exclusiva solicitação dos empregados e desde que os mesmo não se utilizem de transporte público, nada impede tal troca.

Contudo é importante salientar que entende-se que valor efetivamente concedido terá finalidade salarial (salário indireto), devendo figurar na folha para efeitos tributários, conforme abaixo disposto: Art. 57, IN 971/2009:

§ 4º Caracterizam o pagamento de remuneração ou retribuição: a moradia, a alimentação, o vestuário e outras prestações in natura fornecidas ao segurado empregado ou ao contribuinte individual, observado o disposto no art. 58.

FONTE: Consultoria CENOFISCO