Para os funcionários afastados a empresa pode cancelar seus convênios com farmácias, convênio este onde o valor gasto é descontado integralmente em folha? Qual a base legal?

Qualquer alteração contratual que cause prejuízo direto ou indireto ao empregado será proibida conforme art. 468 da CLT.

Neste caso, como a empresa não está obrigada a fornecer o convênio e presume-se que o empregado poderá precisar do benefício pode se entendido como prejuízo, portanto se não regulamentou o seu fornecimento, deverá verificar o documento coletivo ou preventivamente não cancelar.

Quando se fornece benefícios que não estão previstos em lei o correto é regulamentar como serão os descontos e seu fornecimento nestes afastamentos e fé
FONTE: Consultoria CENOFISCO