Empresa pode registrar funcionários no CNPJ de filial, que é um deposito fechado?

Em princípio o empregado deve ser registrado no estabelecimento da empresa onde presta serviços.

Porem, a empresa poderá manter o arquivo de registro de empregados centralizado em um estabelecimento da empresa (Portaria MTE 41/07, art. 3º).

É de notar-se que o CNPJ raiz é único na empresa, ou seja, igual em todos os estabelecimentos diferenciando-se apenas nos digito finais que identificam o estabelecimento.

FONTE: Consultoria CENOFISCO