No E-Social, a identificação da empresa será por CNPJ ou CPF. No caso do Produtor Rural, que tem CNPJ, mas é identificado na SEFIP pelo CEI, qual identificação usará no eSocial?

A partir da data em que o eSocial passou a ser adotado, os empregadores/contribuintes/ órgãos públicos pessoa jurídica serão identificados apenas pelo Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica - CNPJ, e os empregadores/contribuintes pessoa física, apenas pelo Cadastro de Pessoas Físicas - CPF.

Portanto, no caso de produtor rural será identificado no eSocial pelo CPF.

Base Legal: Manual do eSocial página 8.

FONTE: Consultoria CENOFISCO